Kokku on eesistumisega seotud ligi 1300 inimest. Need inimesed ei asu kõik ühes kohas, vaid jagunevad nii Brüsseli kui Eesti vahel. Eesistumise ettevalmistuste ja läbiviimise eest vastutab Riigikantselei, mille alla kuulub Eesti Euroopa Liidu sekretariaat – seal asub ka Eesti EL nõukogu eesistumist koordineeriv meeskond. 

Eesti kui eesistuja juhitavad töörühmad on jaotatud ära ministeeriumite vahel – iga ministeerium vastutab eesistumise ajal oma valdkonda puudutavate teemade eest Euroopa Liidu Nõukogu tasandil.

Selleks, et kasutada eesistumist, kui võimalust tõsta terve avaliku sektori Euroopa Liidu alast võimekust, leitakse suurem osa vajalikest töötajatest juba praeguste riigitöötajate seast, kes saavad endale tähtajaliselt lisaülesanded. Kuna tegemist on väga intensiivse tööperioodiga, on teatud rollidesse siiski vaja ka inimesi juurde. Eesistumise kesksest eelarvest on kõikide asutuste peale kokku planeeritud kuni 335 ajutist lisakohta.